Devşirme usulüne aykırı öğrenci alınması, birçok kimsenin şeref bulmak düşüncesiyle, çocuklarını Enderun’da okutmak için köle diye satması, okula ehil olmayan yeteneksiz kimselerin alınması, Batı metotları ile eğitim yapan okulların açılması ve bunların gitgide çoğalmasıyla mektebin önemi iyice azaldı. 

Yine Enderun Mektebi’ndeki eğitim sisteminin asrın gereklerine ve donanımlarına ayak uyduramaması ve özellikle devlet ve saray idaresinin, yeniçeri ağaları ve valide sultanlar tarafından bozulması gibi nedenlerle imparatorluğun başka pek çok müessesesi gibi Enderun’un da disiplini ve eğitimi yozlaşmıştır.

Modern eğitimin gittikçe yerleşip yayılması karşısında, Enderun Mektebi’nde de modern eğitimin ilkelerini uygulanmaya başlandı. Ancak, şehirde Türk ve ecnebi olmak üzere çeşitli genel kültür kurumlarının ve meslek okullarının açılması, özellikle Enderun mektebinden çıkanların, Tanzimat’tan önceki dönemde olduğu gibi, devlet görevlerine tayinlerdeki üstün durumlarını kaybetmeleri, halk arasında özellikle devlet ileri gelenleri katındaki değerini sarstığından bu eğitim yuvası kalkınamadı ve 1908 İkinci Meşrutiyet’in ilanını takip eden günlerde, 1 Temmuz 1909’da tamamen kapatıldı.