II. Bayezid tahta geçince Fatih dönemine büyük bir tepki oluşmuştu. Fatih Sultan Mehmed ömrünün son yıllarında mülk ve vakıf toprakların önemli bir kısmını timar sistemine dahil etmişti.

Amacı askeri seferler için kaynak sağlamaktı. Bu siyaset yüzünden mağdur olanlar ise Amasya’da şehzade Bayezid’in etrafına toplanmışlardı.

Amasya Fatih’in yaptığı işlere muhalif olanların toplandığı bir mekan hâline gelmişti. Şehzade babasının vakıf ve mülklerle ilgili getirdiği yeni düzenlemeyi ağırdan almış, ayrıca İstanbul’a gönderilmesi istenilen bir tüccarı da teslim etmemişti.

Bu yüzden de babası ile arası bozulmuştu. Bayezid padişah olduktan sonra babası zamanında devletleştirilmiş toprakları sahiplerine geri verdi.

Fatih’in hükümdarlık döneminde 5 defa paranın değeri düşürülerek hazinenin gelirleri artırılmış, ancak bu durum asker ve halk arasında hoşnutsuzluğa neden olmuştu.

Bu yüzden Fatih’in ölümünden sonra tahta çıkan oğlu Bayezid’e babasını değil, dedesi II. Murad’ı örnek alması tavsiye edilmişti. Bayezid döneminde Fatih’in yaptığı birçok işten vazgeçildi. Avrupalı ressamlar tarafından yapılan resimler saraydan çıkarılarak pazarlarda satıldı.

Fatih ile oğlu arasındaki uyumsuzluktan dolayı II. Bayezid’in babasının ölümünde rolü olduğu iddiaları da vardır. Şehzade Bayezid’in, Veziriazam Karamani Mehmed Paşa’nın, Cem Sultan lehindeki teşebbüsleri yüzünden, hekimbaşı Acem Lari’yi kullanarak babasını zehirlettiği söylentileri bulunsa da, bu kanıtlanmamış bir iddiadır.