Sefer sırasında kendisinden yardımını esirgeyen Basra Valisi Kubad Paşa’nın da girişimleriyle Piri Reis’in aleyhine olumsuz bir hava oluşturuldu. Mısır Valisi’nin Divanı Hümayun’a, yazdığı onu kötüleyen mektubu üzerine, İstanbul’dan Piri Reis’in idam edilmesi emri geldi. Piri Reis 1552 yılında Mısır’da idam edildi.