Osmanlı ordusu 1526’daki Mohaç Muharebesi’nden 70 yıl sonra ilk defa bir meydan savaşına çıkıyordu. Bir zamanlar meydan savaşlarında önüne çıkanı deviren ordunun bu özelliği artık kalmamıştı. Osmanlı ordusu sürekli kaçan düşman yüzünden meydan savaşlarındaki ustalığını yitirmiş, kale kuşatmaları üzerine uzmanlaşmıştı. 

Bir zamanlar devamlı kaçan Avusturya ordusu ise kendini yenilemişti. Avusturya Arşidükü Maksimilyan ile Erdel Voyvodası Barthory’nin komuta ettiği, 100 bin kişilik ordu, Alman, İspanyol, Papalık, Fransa, Macar, Çek ve Leh askerlerinden oluşuyordu. Osmanlı ordusu da aşağı yukarı 100 bin kişiydi. Osmanlılar, öncü birliklerinin intikamını almayı düşünüyorlardı. Osmanlılar, ilk defa Avusturyalılar’ı bir meydan savaşında yakalamışlardı.

25 Ekim’deki küçük çarpışmalardan sonra, asıl muharebe 26 Ekim’de başladı. Osmanlı ordusunun merkezinde Sultan III. Mehmed bulunuyordu. Sağında vezirleri, solunda kadıaskerler ile Hoca Saadeddin Efendi vardı. Sol kolda Anadolu, sağ kolda Rumeli askerleri dizilmiş, öndeki birliklerin komutası Ciğalazade Sinan Paşa ile Kırım Hanı Fetih Giray’a verilmişti. Toplar zincirlerle birbirlerine bağlanarak kuvvetli bir savunma hattı oluşturulmuştu. Avusturya ordusu savaş başlar başlamaz bütün gücüyle sultanın bulunduğu merkeze saldırdı. III. Mehmed, kendisini güvenceye almak için ordunun gerisindeki Yunus Ağa’nın çadırına çekilmek zorunda kaldı. Akşam olduğunda savaş bitmemiş, iki tarafın hesabı yarına kalmıştı.

Ertesi gün, Haçova bataklığının arka tarafında mevzilenen Avusturya ordusu, Ciğalazade Sinan Paşa idaresindeki ileri kuvvetlerin tüm saldırılarına rağmen bir türlü yerinden çıkarılamadı. İkindi vakti geldiği halde Avusturya ordusu yerinden bir adım bile kıpırdamamıştı. Saldırıları püskürten Avusturya ordusu karşı saldırıya geçti. Sağ kanat komutanı Rumeli Beylerbeyi Sokolluzade Hasan Paşa, düşmanı durdurmak için hemen geçit başında birliklerini hücuma kaldırdı. Bu sırada merkeze de saldırı olduğu haberi geldi. Hasan Paşa ne yapacağını şaşırmıştı. Tam merkeze doğru harekete geçtiği sırada yoğun bir düşman saldırısıyla karşılaştı ve birliklerinin tamamına yakını dağıldı.

Osmanlı birlikleri, dikdörtgen halinde oluşturulmuş kontramarş (contre-mansch) taktiğini izleyen Avusturya tüfekli piyadelerinin ateşi karşısında dayanamamışlardı. Avusturya ordusu, Osmanlı ordusunun sağ kolunu imha ettikten sonra sultanın bulunduğu merkeze saldırınca merkezdeki askerlerin bir kısmı kaçtı.

Osmanlı ordusunun merkezine dalan Avusturyalılar savaşa kesin kazanılmış gözüyle bakıp, eşyaları ve hazineyi yağmalamaya başladılar. Osmanlı ordusu, perişan bir durumdayken, Veziriazam Damad İbrahim Paşa, hemen ordunun geri çekilmesini, hatta padişahın kılık değiştirerek kaçırılması gerektiğini söyledi.

Bunun üzerine, Sultan III. Mehmed, başından beri kendisini savaşmaya teşvik eden Hoca Saadeddin Efendi’ye dönerek; ''Efendi, bundan sonra ne yapmak lazım?'' diye sordu. Herkes panik hâlindeyken bile moral ve cesaretini bozmayan Hoca Saadeddin Efendi, ''Padişahım, lazım olan yerinizden ayrılmamanızdır, muharebede böyle şeyler olur. Sizden önceki padişahlar zamanında da böyle durumlar oluyordu. Sizin burada kalmanız İslâm’ın zaferini getirecektir. Eğer buradan gidecek olursanız, ordumuz yenilecek ve bir daha toparlanamayacaktır'' diyerek padişahın cepheden ayrılmasını engelledi.

Merkezde sultanı koruyan yeniçeriler, pes etmemişlerdi. Muharebenin tanığı olan bir paralı asker, ''Türk İmparatoru’nun otağına eriştikleri anda yeniçeriler ileri atıldılar ve tüfekleriyle ateşe başladılar, bizleri geri püskürttüler'' diye olup biteni nakletmişti. Bu arada hazineleri yağmalayan Avusturya askerlerinin, çadırlar arasında dolaştığını gören Osmanlı ordusunun geri hizmetine mensup seyisler, aşçılar, katırcılar, deveciler gibi bütün hademe güruhu, çadırlar arasında yağmaya dalan düşman üzerine kazma, kürek, balta, kepçe vs. ellerine ne geçirdilerse saldırmaya başladılar. Düşmanın bir kısmını öldürdükten sonra bir taraftan da ''Kafir kaçtı'' diye bağırmaya başladılar.

Yeniçerilerin yanısıra savaşla işi olmayan kişilerin de düşman askerlerini öldürmesi ve sultanın cepheden ayrılmaması dağılmaya başlayan ordunun tekrar kendine gelmesini sağladı. Gizlenen ve kaçan askerler geri dönerek, var güçleriyle Avusturyalılar’ın üzerine saldırdılar. Ciğalazade Sinan Paşa da pusuda beklediği yerden çıkarak, Osmanlı ordusunun sağ kanadını bozan Avusturya birliklerini bataklıklara kovalayarak imha etti. Yatsı vaktine kadar yaklaşık 50 bin düşman askeri öldürülmüştü. Osmanlılar, Haçova Meydan Muharebesi’nde mağlup olmak üzereyken zaferi kazanmışlardı.

Avusturya ordusunun mağlup edilmesinde büyük pay sahibi olan Ciğalazâde Sinan Paşa, zaferden sonra III. Mehmed’in huzuruna gelip, ''Yüz aklığına ben sebep oldum'' diye övünüp veziriazamlıkta gözü olduğunu ima ettiyse de sultan bir şey söylemedi. Ancak III. Mehmed, Hoca Saadeddin Efendi’nin ısrarlarıyla, düşmanı takibe giden Damad İbrahim Paşa’yı veziriazamlıktan azlederek yerine Ciğalazade Sinan Paşa’yı getirdi. Sultan III. Mehmed, zaferden sonra hemen İstanbul’a döndü.

Eğer kışı Macaristan’da geçirseydi, savaş Osmanlılar’ın lehine kısa sürede sonuçlanabilirdi. Ancak bu fırsat kaçırıldı. Dönemin tarihçileri, Haçova Muharebesi’ni Mohaç ve Çaldıran muharebelerinden bile üstün tuttular. Ancak muharebe, Osmanlı ordusunun gücü sayesinde değil, Avusturya ordusunun disiplinsizliği yüzünden kazanılmıştı. Bu muharebe, daha önce Osmanlı ordusunun karşısına bile çıkmayan Avusturyalılar’ın artık güçlendiğini gösteriyordu.