II. Süleyman ölünce tahta II. Ahmed geçirildi. Fazıl Mustafa Paşa, sultanın ölüm haberini ve yeni sultanın gönderdiği mühr-i hümayunu Sofya’da teslim aldı. Yaklaşık 100.000 kişilik Osmanlı ordusu 21 Temmuz 1691'de Belgrad’a ulaştı. Eyalet askerleri ve Kırım Hanı Saadet Giray’a bağlı kuvvetler de yola çıkmıştı.

Avusturya ordusu ise bölünmüş durumdaydı. Nitekim başkomutan Charles de Lorraine ile birçok birlik, Fransız Kralı XIV. Louis’le savaşmak üzere Ren cephesinde bulunmaktaydı. Bu yüzden İmparator Leopold Macaristan’daki ordunun idaresini “İmparatorluğun Kalkanı” veya “Türk Ludwig” olarak bilinen Ludwig von Baden’e (Baden Margrafı Louis) vermişti.

Bütün kış boyunca Macar asi Tökeli’ye bağlı birliklerle ve Tatarlar’la mücadele eden Ludwig, Osmanlı ordusunun bu yardımcı unsurlarla birleşmesinden endişe duymaktaydı. Diğer Alman prensliklerinin de desteklediği yaklaşık 100.000 kişilik Alman ordusu Petervaradin ile Zemun arasında beklemekteydi.

Sadrazam, Alman ordusunun Zemun’daki köprüyü kontrolüne geçirmesinden endişe etmekteydi. Bu yüzden, yeniçeri ağasının muhalefetine rağmen, acele etti. Halbuki henüz Kırım Tatarları yoldaydılar. Türk ordusu Sava Nehri üzerinden sekiz günde tamamlanan bir köprü ile Zemun (Zemlin) sahrasına geçti.

Köprüden toplam 150 adet kolonborno ve şahidarbezen topuda karşı yakaya geçirilmiş, ayrıca bir miktar asker Tımışvar’a zahire yollamak üzere görevlendirilmişti. Fazıl Mustafa Paşa Belgrad’a geldiğinde Tımışvar muhafazasıyla görevli olan Tökeli İmre az sayıda adamıyla Osmanlı ordusuna iltihak etti. Bu sırada Kapudan Ali Paşa’nın gayretleriyle Titel Kalesi’nin ele geçirildiği haberi sadrazama bildirildi.

Petervaradin yolu Avusturyalılar’a kapanmış olduğundan düşman bir an önce savaşmak istiyordu. Aksi halde hanın gelmesiyle Avusturya ordusu iki ateş arasında kalacaktı. Osmanlı ordusunun Zemun’dan Tisa ile Tuna arasındaki kasabaya gelmesiyle 19 Ağustos’ta muharebe başladı. Osmanlı ordusunun merkezinde Serdar-ı Ekrem Fazıl Mustafa Paşa bulunurken sağ kanatta Kemankeş Ahmed Paşa, sol kanatta ise Rumeli Beylerbeyi Küçük Cafer Paşa yer almaktaydı.

Osmanlı ordusu bataklıklarla dolu bölgede kendi tahkimatlı siperlerine yerleşmişlerdi. Tatar kuvvetleri gelmeden Osmanlı ordusunu bozmak isteyen Margraf Ludwig Baden, askerlerine hücum emri verdi. Bunun üzerine Fazıl Mustafa Paşa Sancak-ı Şerifi açarak askerlerine siperlerinden çıkma emri verdi.

Ancak Anadolu Beylerbeyi Kemankeş Ahmed Paşa’ya bağlı aşiret birliklerinden oluşan süvariler düşman piyadesinin tüfek ve top ateşinden korkarak bozuldular. Ahmed Paşa toparlanıp bir kez daha hücum ettiyse de aşiret birlikleriyle Şam Beylerbeyi Abaza Koca Murtaza Paşa, Maraş Beylerbeyi Mehmed Paşa’ya bağlı birlikler taarruzlarını durdurdular.

Durumdan faydalanmak isteyen Avusturya başkomutanı hem piyadesine hem de süvarisine aynı anda Türk ordusunun sağ kanadına hücum emri verdi. Düşmanın saldırısına dayanamayan Kemankeş Ali Paşa’nın birlikleri bozularak geri çekildiler. Bunun üzerine sadrazam elinde kılıcı ile ileri doğru atılıp, askeri cesaretlendirmek için düşman üzerine hamle yaptı. Karaman Beylerbeyi Çelebi İsmail Paşa’nın da sağ kanadın imdadına yetişmesiyle galibiyet ibresi Türk ordusuna döndü. Ancak ileri atılan sadrazamın alnından vurularak atından düşmesi savaşın kaderini değiştirdi.

Serdarın, ölüm haberinin yayılmasında Sadaret Kethüdası Mustafa Efendi’nin suçu büyüktü. Haber bir anda yayılarak, ordu içerisinde panik havası oluşturdu. Sipahi Ağası Ömer Ağa’nın yeterli sebatı gösterememesi yüzünden bozgun daha da büyüdü. Halep Valisi Koca Halil Paşa’nın ve Rumeli Beylerbeyi Küçük Cafer Paşa’nın duruma el koyması ve düşmanın çok sayıda kayıp vermesinden ötürü hücum gücünün zayıflaması ordunun bir nebze toparlanmasına ve düzenli bir şekilde geri çekilmesine olanak verdi.

Sancak-ı Şerif ise Karaman Valisi İbrahim Paşa’ya teslim edilmişti. Osmanlı ordusu sadrazamın yanısıra Yeniçeri Ağası Eğinli Mehmed Ağa’yla birlikte 8000 kadar şehid verdi. Ayrıca 150 top ve ordu hazinesi de düşman eline geçti. Fazıl Mustafa Paşa’nın cesedi bulunamadı. Avusturyalılar’ın kayıpları da Osmanlılar’dan az değildi. Holstein Dükü Christian, Albay Kaunitz, Poettinden Dükü ölenler arasındaydı.

Zafer haberini alan İmparator Leopold bu kadar pahalıya mal olan başka zaferler istemediğini dile getirmişti. Kara muharebesindeki başarısızlığına rağmen Tuna Kapudanı Mustafa Kaptan düşman donanmasını mağlup etmiş ve önemli miktarda zahire ve mühimmat ele geçirmişti. Ordu Belgrad’a dönünce padişah yeni sadrazamı tayin edinceye kadar tecrübeli Halep Valisi Koca Halil Paşa serdar olarak kabul edildi.

Mağlubiyetin sorumlusu olarak görülen Ömer Ağa idam edildi. Bu sırada Kırım Hanı Saadet Giray birlikleriyle Belgrad’a geldiyse de artık iş işten geçmişti. Muharebeye yetişmek için yeterli çabayı göstermeyen Kırım Hanı padişah tarafından ağır bir şekilde azarlandı. Muharebe sonrasında Avusturyalılar Lippa, Karansebes ve Lugoş kalelerini geri aldılar, ancak Banat’ın merkezi konumundaki Tımışvar’ı almayı başaramadılar.

Sultan II. Ahmed sadarete Arabacı Ali Paşa’yı tayin etti. Salankamen Muharebesi, II. Viyana Kuşatması sonrasındaki mücadele de önemli bir dönüm noktasıdır. Öncelikle Avusturya’nın Fransa ile uğraştığı bir dönemde bu savaşın kaybedilmesi Macaristan’ı yeniden ele geçirme şansının kaybedilmesine neden oldu.

Kuşkusuz bu savaştaki askeri kayıplardan daha önemlisi yetenekli devlet adamına bu kadar ihtiyaç duyulduğu bir sırada Fazıl Mustafa Paşa’nın şehid olmasıydı. Bu değerli sadrazamın şehadeti hem kendisinin başlattığı reformların durmasına hem de cephelerde ordunun yeniden toparlanmasına engel oldu.