II. Mahmud’un 15 Kasım 1808 gecesi başlayıp bir gün boyunca devam eden yeniçeri isyanı sırasında Alemdar Mustafa Paşa’ya yardım etmeyerek sadrazamın ölümüne sebep olduğu iddiaları hala tarihçiler arasında tartışılan bir konudur. Fakat şunu belirtmek gerekir ki, Alemdar’ın konağının kuşatıldığı sıralarda Topkapı Sarayı da abluka altındaydı ve II. Mahmud’un elinde sarayı savunmak için bile yeterli bir kuvvet bulunmuyordu.

II. Mahmud’un, Alemdar’ın öldürülmesine seyirci kalıp kalmadığı bu durumun da göz önünde bulundurularak değerlendirilmesi gerekli bir husustur. Ancak Alemdar’ın ölümüyle birlikte II. Mahmud’un tahtı üzerindeki gölgenin de kalktığı inkar edilemez bir gerçektir.