Ruslar’la savaş başlayınca ordu Sadrazam İbrahim Hilmi Paşa ile birlikte Rumeli’ye hareket etti. Ruslar’la yapılan ilk çatışmalarda başarı kazanıldı. Ancak ordunun İstanbul’dan ayrılması ile meydan muhaliflere kaldı. III. Selim de büyük hatalar yapmaktaydı. Nizam-ı Cedid aleyhtarı olan Ataullah Efendi’yi şeyhülislam yaptığı gibi, el altından Şehzade Mustafa ile anlaşan Köse Mustafa Paşa’yı da sadaret kaymakamlığına getirmişti.

Bu iki kişiden cesaret alan Nizam-ı Cedid aleyhtarları her yerde padişahın aleyhine propaganda yaptılar. Camilerde vaizler ''Askere pantolon ve ceket giydiren padişaha Allah’ın yardım etmeyeceğini'' söylediler. Dönemin önde gelen devlet adamlarından ve III. Selim muhalifi Tayyar Paşa da ''Askerin kâfir elbisesi giydiğini, bunu emreden padişahın dine ve halka ihanet ettiğini'' belirterek askeri ve halkı padişaha karşı isyana teşvik etti.

Sadaret kaymakamı ve şeyhülislam ordunun İstanbul’da bulunmamasından istifade ederek Nizâm-ı Cedid’i ortadan kaldırmak için son hamleyi tasardılar. Trabzon’dan getirilen 2000 asker Karadeniz Boğazı’nda bulunan kalelerdeki muhafız yamaklarına dahil edilerek, burada bulunan Nizam-ı Cedid askeri ile kaynaştırılmak istenmişti. Sadaret Kaymakamı Musa Paşa bunları, ''Sizler de yeniçeri sayılırsınız. Frenk kılığına girmiş askerle niye konuşuyorsunuz. Size de Nizam-ı Cedid elbisesi giydirecekler, giymezseniz kovulacaksınız'' diye haberler göndererek, tahrik etti. Nizam-ı Cedid askeri ile yamaklar arasında kavgalar başladı. Köse Mustafa Paşa olayların büyümesi için Boğaz Nazırı Mahmud Raif’e yamaklara da Nizam-ı Cedid elbisesi giydirilmesini emretti. Bunu haber alan yamaklar isyan ederek, Mahmud Raif ve bazı komutanları öldürdüler.

Köse Mustafa Paşa, hadisenin önemli olmadığını belirterek padişahı oyaladı. Bir gün sonra Kabakçı Mustafa’yı kendilerine reis seçen yamaklar İstanbul’a doğru hareket ettiler. Köse Mustafa Paşa, Nizam-ı Cedid askerine kışlalarından çıkmama emrini vererek yamakların hareket sahasını genişletti.

Padişaha da yamakların hareketlerinden pişman olduklarını, ancak Nizam-ı Cedid askeri Boğaz’da bulundukça kendilerini emniyette hissetmediklerini söyledi. Musa Paşa’nın bu sözlerine inanarak, büyük bir hata işleyen III. Selim askerlerin Levent ve Selimiye’deki kışlalarına çekilmeleri emrini verdi. Bu sırada yamakların içerisine karışan Şehzade Mustafa taraftarları, onları kışkırtmaya devam ediyorlardı.

Diğer askeri grupların ve ahalinin de katılımıyla asilerin sayısı arttı. İsyanın büyüdüğünü gören padişah devlet ricalini toplantıya çağırdı. Ordunun İstanbul’a dönmesinin gerekliliği söylendiyse de III. Selim, Ruslar’ın önünün açılacağını belirterek, bunu kabul etmedi. İstanbul’da bulunan 13 bin Nizam-ı Cedid askeriyle de isyan bastırılabilirdi. Ancak padişah kan dökülmesini istemiyordu. Bu yüzden bir hatt-ı hümayun yayınlayarak Nizam-ı Cedid’i geçersiz kıldığını ilan etti. Bu taviz asilerinin cesaretini iyice artırdı. Köse Mustafa Paşa, padişahın yakını 11 kişinin isimlerini Kabakçı’ya vererek, bunların kellelerini padişahtan istetti. Asilerin istediği kişilerin bir kısmı idam edildi.

Daha sonra yeni istekleri olan İrad-ı Cedid hazinesi de ortadan kaldırıldı, ancak bu tavizlere rağmen asiler dağılmıyordu. Artık sıra padişahın tahttan indirilmesine gelmişti. IV. Mustafa’nın cülüsuna dualar okundu ve padişaha tahttan çekilmedikçe askerin dağılmayacağı haberi gönderildi. Bu haberi alan III. Selim ''Allah’ın takdiri böyle imiş'' diyerek tahttan inmeyi kabul etti.