Rumlar, Osmanlı toplumunda ticaret, gemicilik, bankerlik gibi mesleklerle zenginleşmişler ve devlet kademelerinde önemli makamlar elde etmişlerdi. Bu zenginlik ve Batıyla kurdukları sıkı ilişkiler sayesinde modern okullar kurdular. Batıdan kitaplar getirtilerek bunları tercüme ettiler ve yeni kütüphaneler kurdular. Fransız İhtilali’nin yaydığı milliyetçilik, bağımsızlık fikirleri diğer birçok millet gibi Yunanlılar’ın da hayallerinde yer etmeye başladı. Ruslar’ın, Osmanlılar’la her savaşa tutuştuklarında aralarında Rumlar’ın da bulunduğu Osmanlı Ortodoks tebaasını ayaklandırmaya çalışmaları zamanla önemli yansımalar buldu.

1804 yılında başlayan Sırp isyanının özerklik verilmesiyle sonuçlanması benzer amaçlar taşıyanlar için bir cesaret kaynağı oldu. Rumlar’ın bağımsızlığı için ilk adım, bir Rum tüccarı olan Manuel’in, iki arkadaşıyla birlikte, 1814’te Odessa’da Philike Heteria Cemiyeti’ni kurmasıyla atıldı. Cemiyetin başkanlığına Rus Çarı’nın Rum asıllı yaveri Aleksandır İpsilanti getirildi. Çarın himayesinde faaliyet gösteren cemiyet, kısa sürede Rum önde gelenlerinin birçoğunu bünyesine kattı. İpsilanti, Sırplar’la ve Avrupalı bazı devletlerle temasa geçti.

Yanya Valisi Tepedelenli Ali Paşa, kendisine mahalli destek sağlama adına, kiliseler yapmak, Rumca eğitimi teşvik etmek, Rumlar’ı asker olarak kullanmak suretiyle Rumlar’ın bilinçlenmesinde önemli rol oynadı, ancak onları sıkı şekilde kontrol altında tuttu. Tepedelenli, 1820’de Osmanlılar’a karşı yürüttüğü mücadelede, Rumlar’ı da isyana teşvik etti. Onun yakalanıp, oğullarıyla birlikte idam edilmesi bölgede büyük bir otorite boşluğuna sebep oldu.

Bu durum Rum çetelerinin işini kolaylaştırdı. Aleksandır İpsilanti, Şubat 1821’de, yıllardır hazırlandığı Rum isyanını Eflak’ta başlattı. İsyan kısa sürede Boğdan’a sıçradı. İsyan mahalli olarak bu bölgelerin seçilmesinin sebepleri, Fenerli Rumlar’ın XVIII. yüzyılın başlarından itibaren bu iki bölgeyi voyvoda sıfatıyla yönetmeleri ve bu sayede buralarda güçlü akrabalık ilişkileri kurmaları, her iki bölgede geniş mülklere sahip olmaları, Sırp, Bulgar ve Rumen topluluklarından yardım almayı amaçlamalarıydı.

Bir diğer sebep ise 1812 Bükreş Antlaşması gereği, Osmanlılar’ın Rusya’dan izin almaksızın bu bölgelere asker sokamayacağının düşünülmesiydi. İtalya ve İspanya’daki devrimci hareketleri görüşmek üzere Laicbach’ta toplanan Avrupa’nın önde gelen devletleri, konferans devam etmekteyken kendilerine ulaşan Eflak ve Boğdan’daki Rum isyanından ciddi rahatsızlık duydular. Avrupa’da mevcut dengenin (Avrupa Sistemi) bozulmaması için bu tür isyanlarda meşru hükümdarların desteklenmesi gerektiğini savunan Avusturya Başbakanı Prens Metternich, Rus Çarı I. Aleksandır ve diğerlerini isyanın desteklenmemesi hususunda ikna etti. Diğer taraftan ne Romenler kendilerini sömürmekten başka bir şey yapmayan Rumlar için kanlarını dökmeye yanaştı, ne de Bulgar ve Sırplar isyana katıldı. İsyan Rum halkı arasında da geniş bir taraftar kitlesi bulamadı.

Böylece isyan kısa sürede bastırıldı. Aleksandır İpsilanti yakalanarak hapsedildi. Mora’da Patras’da başlayan isyan geniş bir tabana dayandığı için kısa sürede Orta ve Güney Yunanistan ile bazı adalara yayıldı. Birkaç hafta içinde Mora’daki bütün Müslümanlar’ın öldürülmesiyle gelişen isyan ve asilerin masum Müslüman ahaliye karşı uyguladıkları vahşi katliam haberleri İstanbul’da büyük öfke uyandırdı.

Bu ayaklanmaya destek verdiği kabul edilen Rum Patriği Gregor, paskalya günü Patrikhane’nin Petro Kapısı’nda asıldı. Bazı metropolitler, Divan-ı Hümayun ve donanma tercümanları idam edildiler. Osmanlı toplumunun seçkin bir zümresi olan Fenerli beyler itibarlarını yitirdiler. Osmanlı hükümetinin, Mora isyanına, isyanın daha ilk başladığı zamanlarda yeterli kararlılıkla eğilememesi hem isyanın genişleyerek sürmesine hem de Avrupa kamuoyu nezdinde Osmanlılar aleyhinde yoğun bir propagandanın yapılmasına imkan verdi. Helen hayranlığı etkisiyle Avrupa aristokrasisi ve aydınları, Rum isyanını Helenlerin özgürlük mücadelesi ve bir Hristiyanlık davası olarak coşkuyla karşıladılar.

Avrupa’nın dört bir tarafında Helen Dostluk Komiteleri kuruldu, birçok kişi Rumlar’a sağladıkları maddi ve manevi destekle yetinmeyerek gönüllü savaşçılar olarak Mora’ya geldiler. 1822 yılında İngiliz Dışişleri Bakanlığı’na, Georg Cannig’in atanması, 1825’te de Çar I. Aleksandır’ın ölmesi üzerine tahta I. Nikola’nın geçmesi, Osmanlılar’ın Mora’daki işini çıkmaza soktu. Zira Cannig tam bir Helenist’ti, I. Nikola ise Osmanlılar’ın tamamen tarih sahnesinden silinmesini şiar edinmişti. Halbuki Mısır Valisi Kavalalı Mehmed Ali Paşa’nın oğlu İbrahim Paşa 1825’te Osmanlı-Mısır kuvvetleriyle Mora’ya çıkmış ve asileri tenkil etmeye başlamıştı. İngilizler’in Cannig’in başını çektiği yeni Helenist politikasından son derece rahatsız olan ve ulusal ayaklanmalara karşı olan Metternich, bu meseleyi görüşmek üzere, Petersburg’da, İngiltere’nin katılmadığı, bir konferans tertipledi.

Rumlar, konferansta Rusya’nın üç özerk prenslikten oluşacak bir Yunanistan kurulması teklifini reddettiler ve İngiltere’ye yanaştılar. Bir çözüme ulaşamayan konferans sonunda Osmanlılar’dan, Rumlar’a bazı ayrıcalıklar vermesi istendi. İbrahim Paşa’nın asileri tamamen ezmeye yaklaştığı bir sırada, İngiltere ve Rusya 4 Nisan 1827 tarihli Petersburg Protokolü’yle Mora’nın özerk olması konusunda anlaştılar.

Avusturya ve Prusya’nın itirazlarına rağmen Fransa da 6 Temmuz’da imzalanan Londra Protokolü’yle bu karara destek verdi. Osmanlı hükümeti Londra’da alınan kararları, içişlerine müdahale olarak değerlendirip, reddetti. İkinci bir notanın da reddedilmesi üzerine İngiltere, Rusya ve Fransa kuvvetlerinden oluşan bir müttefik donanması 20 Ekim’de Navarin’de demirli Osmanlı-Mısır donanmasını yaktı.

Osmanlılar’ın yine Rumlar’a özerklik verilmesini reddetmeleri üzerine Rusya 26 Nisan 1827’de Osmanlılar’a karşı savaş ilan etti. Fransa ile İngiltere ise Mısır kuvvetlerini Mora’dan çıkarmak için bölgeye asker sevk etmeyi kararlaştırdılar. İbrahim Paşa Fransızlar’la anlaşıp, Mısır’a döndü. Osmanlılar, herşeye rağmen taviz vermeme politikalarını ısrarla sürdürdüler. Üç müttefik 22 Mart 1829’da Londra’da bir araya gelerek Yunan devletinin sınırlarını ve statüsünü tespit ettiler. Ruslar karşısında ağır bir mağlubiyete uğrayan Osmanlılar, sonunda 14 Eylül’de Rusya ile imzalanan Edirne Antlaşması’yla Londra’da alınan kararları tanımak zorunda kaldılar.

Rusya’nın baskısı ile kurulan ve onun denetimine giren Özerk Yunan Devleti, İngiltere ve Fransa’yı memnun etmedi. Üç devlet arasında Londra’da yapılan görüşmelerde İngiltere, Fransa’nın da desteğiyle Yunanistan’ın sınırlarının küçültülmesi, buna karşılık Yunanistan’a tam bağımsızlık verilmesi teklifini Rusya’ya kabul ettirdi.

3 Şubat 1830’da imzalanan bu protokol kararları, 24 Nisan’da Osmanlı İmparatorluğu tarafından kabul edildi. Böylece, ilk defa imparatorluk tebaasından bir grup bağımsızlığını kazanmış oldu. Bu, Osmanlı İmparatorluğu’nun parçalanma sürecinin başlangıcıydı. Yunanistan’ın yayılmacılık hırsı kısa süre sonra, başta Adalar Denizi olmak üzere bölgede yeni gerilimlerin yaşanmasına sebebiyet verecekti.