Fransız İhtilali ile Avrupa devletlerinin Doğu’ya olan ilgisi azaldı. Bu durum en çok Rusya’nın işine yaradı. Fakat Avrupa’nın Şark’a olan ilgisizliği fazla uzun sürmeyecek ve Napolyon Bonapart, soluğu Mısır’da alacaktı. Napolyon’un bu hareketi Şark Meselesi’nde çok önemli bir dönüm noktasıydı.

Napolyon Bonapart, 1796-1797 yılları arasındaki Fransa-Avusturya savaşından büyük bir zaferle çıktı. Campo Formio Antlaşması ile Fransa’nın sınırları Dalmaçya’ya kadar genişledi. Fransa, artık Osmanlı İmparatorluğu ile komşuydu. Avusturya’yı dize getiren Bonapart’ın en büyük isteği İngiltere’yi sıkıştırmaktı. Mısır’ı işgal ederek, İngiltere’nin Akdeniz’deki hakimiyetini kıracak ve Hindistan’a giden ticaret yoluna hakim olacaktı.

Napolyon’un Mısır’ı işgali, Şark Meselesi açısından birkaç noktada köklü değişiklikleri ifade eder. Öncelikle Fransa, Haçlı seferlerinden sonra ilk defa Doğu yönünde böylesine büyük bir askeri sefer düzenliyordu. Bu durum Osmanlı-Fransa ilişkilerinin artık değiştiğini gösteriyordu. Batı Avrupa’nın dünya siyasetinde hızla daha fazla söz sahibi olmaya başlayan devletleri Osmanlı İmparatorluğu topraklarını ilk defa doğrudan hakimiyetleri altına almaya çalışıyordu.

Avusturya ve Rusya, Osmanlı topraklarını işgal etmeye başlamışlardı. Ancak Batı Avrupa devletleri için böyle bir politika söz konusu olmamıştı. Artık Batı için Şark Meselesi, pastadan daha fazla pay kapma mücadelesi haline gelmişti. Napolyon’un Mısır’a çıkarma yaparken kalabalık bir bilim adamı gurubunu da yanında getirmiş olması Batı’nın, Doğu’ya yayılma politikasını ve anlayışını göstermesi açısından oldukça önemliydi. Mısır’ın işgali, Osmanlı İmparatorluğu’nun Rusya’dan yardım istemek zorunda kalmasıyla Şark Meselesi’nin nasıl karışık bir hal aldığını göstermesi açısından da önemlidir.

Temmuz 1798'de İskenderiye’ye çıkarma yapan Napolyon, ayın sonlarına doğru Kahire’yi de işgal etti. Fransa’nın bu ani saldırısı karşısında Osmanlı yönetimi istemeyerek de olsa önce Rusya, daha sonra da İngiltere ile ittifak antlaşmaları imzaladı. Özellikle Rusya ile imzalanan antlaşma önemliydi. Mısır işgalini ganimet bilen Rusya bu antlaşmadan istifadeyle Boğazlar’dan ilk defa donanmasını geçirdi.

İki devletin desteğini alan Osmanlı İmparatorluğu, Fransa’yı durdurdu. Akka mağlubiyeti, Napolyon’un Doğu hayallerinin sonunu getirmişti. Napolyon, Mısır’ı terketti. Arkasında bıraktığı birlikler de bir süre sonra Mısır’ı boşalttılar. Napolyon, Avrupa’da yayılma politikasına hız verdiği için 1802 yılında Paris’te Osmanlı İmparatorluğu ile Fransa bir antlaşma imzaladı. Napolyon’un Mısır macerası Osmanlı dış siyasetinde ''Denge Politikası'' kavramını yerleştirdi.

Napolyon, 2 Aralık 1805’te Rusya ve Avusturya ordularını Osterliç önlerinde ağır ve kesin bir şekilde mağlup edince, Fransa’nın bu başarıları III. Selim ile Osmanlı toplumunun Fransa’ya yakınlaşmasını sağladı. Hatta İngiltere ve Rusya’nın bütün itirazlarına rağmen Osmanlı hükümeti, Napolyon yönetiminin tanınmasına karar verdi. Osmanlı İmparatorluğu’nun bu hareketi Rusya ile kurulan ittifakın bozulmasına neden oldu.