Musa Çelebi başarısını Mehmed Çelebi’ye borçlu olmasına rağmen Edirne’yi ele geçirince onu tanımadı ve kendi hükümdarlığını ilan etti. Beylerbeyliğe Rumeli uç beylerinden Mihaloğlu’nu, kadıaskerliğe ise Şeyh Bedreddin’i getirdi. Mehmed Çelebi’nin üzerine yürümek yerine Rumeli’de durumunu sağlamlaştırmaya çalıştı. Emir Süleyman’a destek veren Sırplar’ın üzerine yürüyerek, onları mağlup etti. İsyan eden Bulgarlar’ı sindirdi. Bizans’a verilmiş toprakları geri aldı ve 1411’de İstanbul’u kuşattı.

Çandarlı İbrahim Paşa’yı daha önce verdikleri vergileri istemek üzere Bizans’a gönderdi. Ancak İbrahim Paşa İstanbul’da kaldı ve Bizans İmparatoru Manuel’i, Çelebi Mehmed ile temasa geçmesi için teşvik etti. Bizans, Musa Çelebi’nin kuşatması altında sıkıştığı için Çelebi Mehmed’i Bursa’dan çağırarak, anlaştı ve onu Rumeli’ye geçirdi. Fakat Çatalca civarındaki savaşta yenilen Mehmed Çelebi kaçarak zor kurtuldu.

Ardından Anadolu’ya geri döndü. Musa Çelebi ipleri eline geçirmişken, sertliği yüzünden devlet ileri gelenlerinin önemli bir kısmı ondan yüz çevirdi. Bu sırada yeniden Rumeli’ye geçen Mehmed Çelebi yine mağlup olmuştu. Rumeli beylerinin Musa Çelebi’den uzaklaşıp, Sırplar’la işbirliği yaptığını öğrenince onlarla temasa geçti. Musa Çelebi’nin etrafında birkaç beyden başkası kalmamıştı.

Evrenos Gazi’nin desteği ile tekrar Rumeli’ye geçen Çelebi Mehmed, üzerine gönderilen kuvvetleri yenerek Edirne’ye doğru yürüdü. Durumun ciddiyetini gören Musa Çelebi ise şehirden ayrılarak Filibe civarına gitti. Sonunda iki kardeşin orduları Sofya’nın güneyinde Çamurlu-Ova sahrasında karşılaştılar. Musa Çelebi mağlup oldu ve yaralı olarak kaçtı. Ancak kısa bir süre sonra yakalandı ve 5 Temmuz 1413’te boğduruldu. Mehmed Çelebi de, Edirne’de kendisini tek hükümdar olarak ilan etti.