Musa Çelebi, Edirne’de idareyi ele geçirdiğinde dönemin ünlü alimlerinden Şeyh Bedreddin’i kadıasker olarak tayin etmişti. Çelebi Mehmed kardeşini mağlup edince, Şeyh Bedreddin’i görevinden aldı ve ona maaş bağlayarak İznik’e sürdü. Şeyh Bedreddin, Börklüce Mustafa’yı Aydın ve civarına gönderdi. Börklüce Mustafa, bölgede geniş bir taraftar kitlesi toplayınca devlet için tehlike oluşturdu. Durumun farkına varan Şeyh Bedreddin, İznik’ten kaçıp Kastamonu’ya gitti.

İsfendiyaroğulları’ndan destek bulamayınca Dobruca’ya geçti. Osmanlı kuvvetleri harekete geçerek Karaburun’da bulunan Börklüce Mustafa ve Manisa civarında bulunan Torlak Kemal’i mağlup ettiler. Bayezid Paşa komutasındaki Osmanlı birlikleri de Rumeli’de Şeyh Bedreddin’in çevresindeki adamları dağıtıp şeyhi yakaladılar. Sultan ulemadan bir meclis kurarak Şeyh Bedreddin hakkında karar vermelerini istedi. Ulema, Bedreddin’in öldürülmesine karar verdi. Şeyh Bedreddin 18 Aralık 1416 tarihinde Serez’de asıldı.