Mardin’de hüküm süren son Artuklu Sultanı olan Melik Necmettin İsa bin Muzaffer Davud bin El Melik Salih tarafından 1385 yılında yaptırılmış olup halk arasında Zinciriye Medresesi diye de anılan Sultan İsa Medresesi, doğu ve batı uçlarındaki dilimli kubbeleri ve doğu tarafına rastlayan yüksek anıtsal portali ile çok uzaklardan bile dikkati çeker.

Mardin’de hüküm süren son Artuklu Sultanı olan Melik Necmettin İsa bin Muzaffer Davud bin El Melik Salih tarafından 1385 yılında yaptırılmış olup halk arasında Zinciriye Medresesi diye de anılan Sultan İsa Medresesi, doğu ve batı uçlarındaki dilimli kubbeleri ve doğu tarafına rastlayan yüksek anıtsal portali ile çok uzaklardan bile dikkati çeker.

Dikdörtgen ve geniş bir alanı kaplamakta olan Yapı, iki kat üzerinde avlu , cami, türbe ve çeşitli ek mekanlardan meydana gelmiştir.

Portalden girince, yıldız tonozla örtülü bir bölüme çıkılır; batısında ise Cami mekanıyla birlikte avluya açılan bir koridor vardır.

Koridorun güneyindeki cami mekanının ortasında mukarnaslı tromplu bir kubbe yer alır.

Mihrabın etrafı kakma motiflerle işlenmiştir. Minber kesme taştan yapılmıştır.

Avlunun batısındaki eyvandan ise türbe olduğu anlaşılan ve tromplu kubbe ile örtülü mekana geçilir.

Üst kat daha çok küçük oda mekanlarından oluşmaktadır.

Bunlar bir zamanlar medresede okuyan kişilerin odacıklarıdır.

İlk defa Mardin’de görülen Timur (Hicri 789 ve 803) ve ordusu ile savaşmış olan Melik Necmeddin İsa bir süre bu medreseye hapsedilmiştir.

Mardin Müzesi bugünkü binasına taşınmadan önce Zinciriye Medresesi’nde işlevini sürdürmüştür.

Bugün Artuklu Üniversitesinin kullandığı alandır.