1948 senesinde İstanbul Büyükada’da dünyaya gelmiştir. Yazarlığa başlangıcı 1968 yılında Ant ve Yeni Ufuklar dergilerinde oldu. 1972 yılında Ant dergisinde yer alan Vietnam’la ilgili bir yazısı yüzünden hapse girdi. 1974 yılında ilan edilen genel afla hapisten çıktı. 1977 yılında eşi Ayşe Nur Zarakolu ile Belge Yayınevi’ni kurarak yayıncılığa adım attı. 1979 yılında kurulan Demokrat gazetesinin kurucusu ve yöneticisi oldu. 1982’de tekrar hapse girdi. 1986’da İHD’nin kurucuları arasında bulundu. Türkiye Yayıncılar Birliği (TYB) Yayımlama Özgürlüğü Komitesi Başkanı oldu.

2005’te de Norveç Yazarlar Birliği’nin Norveç Kültür Bakanlığı’yla birlikte verdiği “İfade Özgürlüğü Ödülü”nü aldı. Hakkında hâlâ sürmekte olan çok sayıda dava bulunmaktadır.

Uzun yıllar Özgür Gündem gazetesinin yazarlığını ve danışma kurulunda bulunmuştur.