Marmara Üniversitesi İlahiyat Fakültesi Camii’nde düzenlenen cenaze törenine; eşi Berna Yılmaz ve Yılmaz ailesinin yanı sıra Cumhurbaşkanı Erdoğan, Abdullah Gül, Tansu Çiller ve Binali Yıldırım, Kemal Kılıçdaroğlu, Başkanı Meral Akşener, Yaşar Okuyan ve çok sayıda eski bakan ile milletvekili katıldı. Burada kısa bir konuşma yapan Başkan Erdoğan, “Bütün ailesine şahsım, ailem, milletim adına başsağlığı diliyorum” dedi. Mesut Yılmaz’ın naaşı kılınan cenaze namazının ardından Kanlıca’daki aile kabristanlığına defnedildi.