En eski mezar taşının 17. yüzyıla ait olduğu tespit edilen mezarlığın koruma altına alınmaması tepki çekti. Günümüzde yapılamayacak usta el işçiliği ile yapılan mezar taşlarının bulunması mezarlığın tarihi önemini artırıyor. 

 ‘Yeniçeri mezarlığı’
 
Mezarlıkta baş taşlı mezar taşları yerle bir olmuş, kırılmış ve mezarlar kazılmış durumda bulunuyor. Bazı mezar taşları duvarlardaki boşlukları kapatmak için kullanılmış. Uzman sanat tarihçisi Selma Gül, mezarlığın restorasyonu için pek çok kez Kültür Bakanlığı ile iletişime geçtiğini ancak herhangi bir çalışma yapılmadığını söyledi. Gül, “Bunlar alelade mezar taşları değil. Saray mensuplarının ve yeniçerilerin mezarları burada bulunuyor. Tarihi mezarlık tinercilere ve sarhoşlara mesken oldu. Bu önemli tarihi eserleri kurtarmak için yetkililer bir an önce çalışmalara başlamalı” dedi. Ayrılık Çeşmesi Mezarlığı için İstanbul Büyükşehir Belediyesi Kültür Varlıkları Projeler Müdürlüğü tarafından 2014’te restorasyon kararı verildi. Restorasyonun bitiş tarihi 2015 olarak belirlendi. Şimdiye kadar restorasyon için çalışma yapılmadı.