Merkezi'nde yapılan kura çekimini, UEFA Müsabaka Direktörü Giorgio Marchetti ve Avrupa Ligi finali elçisi İsviçreli eski futbolcu Alexander Frei gerçekleştirdi. Fenerbahçe'yi saf dışı bırakan Braga, Mircea Lucescu'nun ekibi Shakhtar Donetsk'le eşleşirken Liverpool'un hocası Jurgen Kloop'ta eski takımı Borussia Dortmund'un rakibi oldu. 

Basel St. Jakob Park'ta oynanacak UEFA Avrupa Ligi finali öncesi çeyrek final maçlarının ilki 7, rövanşları ise 14 Nisan'da oynanacak. Fenerbahçe'nin son 16 turunda Portekiz ekibi Braga'ya elenmesiyle Türk temsilcisinin yer almadığı Avrupa Ligi çeyrek finallerinde oluşan eşleşmeler şöyle: 

Braga - Shakhtar Donetsk
Villarreal - Sparta Praha
Athletic Bilbao - Sevilla
Borussia Dortmund - Liverpool