Buna göre Şeker hakkında, ‘anayasal düzeni ihlale teşebbüs’ ve ‘silahlı terör örgütü yöneticiliği’ suçlarından 2017'de gözaltı kararı verildi. Şeker, 24 Kasım 2018'de başkasına ait kimlikle İstanbul'da yakalandı. 17/25 Aralık kumpasında yer alan polislerin tutuklanmasının hakim ve savcıları tehdit eden Şeker, Gülen'in yanı sıra eski İstihbarat Daire Başkanı Ramazan Akyürek ile Samanyolu genel yayın yönetmeni Hidayet Karaca'nın da avukatlığını yaptı. Şeker, örgüt mensuplarına yönelik dava süreçlerinde izlenecek yöntemi de belirledi. Şeker, 2014'ten 2016'ya kadar tam 437 bin 993 kez örgütün gizli haberleşme uygulaması ByLock’a bağlanarak talimat aldı ve FETÖ mensuplarına yargı konusunda yol gösterdi.