I. Mustafa 1591 senesinde Manisa’da dünyaya geldi. Sultan III. Mehmet’in oğlu olan Mustafa, kardeşi I. Ahmet henüz 14 yaşındayken tahta geçince, hanedan mensupları içinde geriye kalan tek erkek evlat olduğu gerekçesiyle öldürülmedi. Şehzadelik döneminde sürekli öldürülme korkusu yaşadığı için zamanla aklî dengesini yitirdiği düşünülmektedir. Ayrıca I. Mustafa, Osmanlı tarihinde ilk defa padişahlığın babadan oğula geçmesi kuralını bozarak, kardeşinin ardından tahta çıkmış olan padişah olma özelliğini taşır.

Sultan I. Ahmet, kardeş katli kanununu değiştirerek Ekber-Erşet sistemini getirmişti. Bu yeni kanuna göre, kardeş katlinin yaşanmaması için, hanedanın en büyük erkek mensubu kimse, o tahta geçecekti. Sultan Ahmet’in vefatından sonra, evladı II. Osman henüz 14 yaşında olduğu için, ailenin en büyük mensubu, Ahmet’in kardeşi I. Mustafa tahta çıktı.



Devlet işleriyle ilgilenmemesi gerekçesiyle, saltanatının 96. gününde, 26 Şubat 1618 tarihinde devlet erkanı tarafından tahttan indirildi ve yerine II. Osman geçti. II. Osman (Genç Osman) isyan eden yeniçeriler tarafından tahttan indirilip katledildikten sonra, ulema sınıfı tekrar I. Mustafa’nın tahta geçmesini kararlaştırdı.
Genç Osman şehit edildikten sonra, ülkenin her yerinde kargaşa ve isyanlar patlak verdi. Bunun üzerine, Genç Osman’ı şehit eden Kara Davut Paşa, I. Mustafa tarafından görevinden alındı fakat bu isyanların durması için yeterli olmadı.

Aklî dengesinin, halen padişahlık yapması için uygun olmadığı gerekçesiyle, Sultan I. Mustafa ikinci kez tahta çıktıktan bir buçuk sene sonra şeyhülislam fetvasıyla tahttan indirildi. Hiçbir çocuğu olmadığı için tahta kardeşi IV. Murat çıktı.

Tahttan ikinci defa indirildikten sonra, 15 sene Topkapı Sarayı’nda hayatını devam ettiren I. Mustafa, evlenmedi ve çocuk sahibi olmadı. 20 Ocak 1639 tarihinde, 48 yaşındayken vefat etti. Ölüm sebebinin sara krizi olduğu düşünülmektedir. Ayasofya yanında medfundur.