İstanbul Çarşamba’da Kovacı Dede mahallesinde doğdu. III. Ahmed zamanında Dîvân-ı Hümâyun çavuşları kâtipliği görevinde bulunmuş olan Mustafa Efendi’nin oğlu olduğundan Kâtibzâde lakabıyla tanındı. İlk öğrenimiyle beraber sülüs ve nesih yazılarını Kevkeb Hâfız Mehmed Efendi’den öğrendi. Nesta‘lik yazıyı Kazasker Abdülbâki Ârif Efendi’den meşkederek icâzet aldı. Nesta‘lik ve celîsinin inceliklerine vâkıf olmak için Durmuşzâde Ahmed Efendi’nin derslerine devam ederek bu sanatın sayılı üstatları arasına girdi.

Risâle fî evcâi’l-mefâsıl adlı eserinden öğrenildiğine göre medresede şer‘î ilimlerle beraber tıp eğitimi de gördü. Tıpla ilgili çalışmalarında kullandığı kaynaklardan Arapça ve Farsça’yı iyi seviyede bildiği belli olan Kâtibzâde şiirle de uğraştı. Onun bir mısraında, “Karâr etme Refîâ Gülşenî bülbüllerindensin” demesinden Gülşenî olduğu anlaşılmaktadır. Kâtibzâde, Edirneli Şeyh La‘lî Efendi’nin terbiyesinde tasavvufî eğitimini tamamladı. Etrafında geniş bir aydınlar kitlesinin toplandığı Şeyh Mehmed Emin Tokadî’nin sohbetlerine devam etti. Medresede gösterdiği başarı devrin ilim adamları arasında dikkati çektiğinden Kâtibzâde, 1117’de (1705) Rumeli Kazaskeri Ebezâde Abdullah Efendi’ye mülâzım oldu. 1126’da (1714) Mimar Mustafa Mehmed Paşa, Şehid Ali Paşa ve Süleymaniye medreselerinde müderrislik yaptı; Galata ve Bursa mevleviyetiyle görevlendirildi, Mekke-i Mükerreme pâyesiyle ödüllendirildi. Tıp sahasında bilgi ve tecrübesini kendi gayretiyle arttıran Kâtibzâde 1126’da (1714) saray hekimleri arasında yer aldı.



Zilkade 1171’de (Temmuz 1758) Mehmed Ârif Efendi’nin azli üzerine hekimbaşı oldu ve ölümüne kadar bu görevi sürdürdü. III. Mustafa’nın sevgi ve takdirini kazanarak pek çok ihsanına nâil oldu (BA, Saraylar Dosyası, nr. 522). 1172’de (1759) Anadolu pâyesiyle İstanbul kadılığına, 1174’te (1760) Anadolu, iki yıl sonra da Rumeli kazaskerliğine tayin edildi. Kâtibzâde, 7 Cemâziyelevvel 1183’te (8 Eylül 1769) doksan yaşına yaklaştığı sırada vefat etti ve Çarşamba’da Kovacı Dede Türbesi hazîresinde Şeyhülislâm Ankaravî Mehmed Emin Efendi’nin yanına gömüldü.