Osman Fazlı Atpazarî, 1041/1632’de bugün Bulgaristan sınırları içinde yer alan Şumnu kentinde doğdu. İlk tahsilini babası Fethullah Efendi’den gördü. Yirmi yaşından önce Şumnu’dan ayrıldı ve Edirne’ye gelerek Aziz Mahmud Hüdâyî’nin halifelerinden Saçlı İbrâhim Efendi’ye bağlandı. Birkaç sene burada tasavvufi terbiye gören Osman Fazlı ardından İstanbul’a gelerek bir başka Celvetî şeyhi olan Zâkirzâde Şeyh Abdullah’a intisap etti. Sekiz sene boyunca hem Zeyrek’teki dergâhta mürşidine hizmet etti, hem de çeşitli âlimlerden zahirî ilimleri tahsil etti. Daha sonra Edirne’deki Aydos beldesine halife tayin edildi.



Birkaç yıllık irşâd vazifesinin ardından şeyhi vefat edince Filibe’ye geçti. Burada on beş yıldan fazla irşatla meşgul oldu, fakat kendisini çekemeyenlerin şikâyeti üzerine Filibe’den ayrılarak İstanbul’a gelmek zorunda kaldı. Uzun bir süre maddi sıkıntılar içerisinde yaşayan Osman Fazlı daha sonra Fatih’in Atpazarı semtindeki Manisalı Mehmed Paşa Camii yanında inşa ettiği dergâha yerleşti.



Hem buradaki irşat faaliyetlerinde hem de Fatih, Vefa ve Süleymaniye Camilerindeki vaazlarında vahdet-i vücûd çizgisini benimsedi. Bu yüzden çeşitli tepkilerle karşılaşsa da sohbetlerine devam etti.



1683’teki Viyana seferi sırasında devlet yetkilileriyle arası açıldı, çünkü Atpazarî’ye göre bu, hayırlı bir sefer değildi. Başarısız geçen Viyana seferinin ardından Sadrazam İbrahim Paşa’nın girişimleri sonucunda bir müddet Şumnu’ya sürgüne gönderildi. Kısa süre içinde tekrar İstanbul’a dönen Atpazarî, bu kez 1689’daki Belgrad Seferi’ne davet edildi. Ancak bu süreçte yaşanan bazı sıkıntılar neticesinde Sofya’da kaldı ve İstanbul’a dönüldüğünde bu defa Magosa’ya sürgün edildi. Birkaç sene Magosa’da sürgün hayatı yaşayan Osman Fazlı Atpazarî 11 Eylül 1691 tarihinde burada vefat etti.