12 Ocak 1945’te doğdu, ilkokulu İstanbul’da okudu. Ortaokul eğitimini Diyarbakır’da tamamladıktan sonra Haydarpaşa, Kabataş ve Pendik Liselerine devam etti. Sorbonne Üniversitesi’nin ardından İsviçre’de Zürih Üniversitesi’nde teoloji dalında doktora yaptı.

Haber, Akşam, Cumhuriyet, Yeni Halkçı, Ulus, Yenigün gibi gazetelerde yazdı. Şiirlerini Sanat Edebiyat, Varlık, Süreç, Bilim-Sanat gibi dergilerde yayımladı.

1983’de İsviçre’de Modus Vivendi Kültür Merkezi’ni kurarak 10 yıl yönetti. 1989’da Rusya’da Kültür Danışmanlığı yaptı.

1992’de İngiltere Edinburg’da International Academy For European and Christian Studies akademisinde Project Academic Board (Akademik Proje İdari Heyeti) üyeliğine seçildi. Aynı yıl İngiltere’de yayınlanan Three Faces Of Jesus (Üç İsa) adlı kitabı dünya çapında yankı uyandırdı ve Rusçaya tercüme edildi (1993).

1960’tan sonra Türkiye gündeminde sürekli fikir üreten Altındal, tartışmalara yol açan, perdelerin gerisindeki, halkın gözü önünde olmayan olayları araştıran bir kişiliğe sahipti. Süreç Dergisi’ni 1960 yılından sonra çıkarmaya başlayan Altındal, Sovyet Sosyalist Cumhuriyetler Birliği’nin arşivindeki, özellikle Avrupa ve Amerika’ya karşı olan birçok belgeyi dergisinde yayınladı, masonluk konusuna değindi. Laikliği, Vatikan’ı tartıştı. Teolojik ve politik tartışmalara girdi.

Altındal, 2000’li yıllarla birlikte tv programlarında gizli örgütlerin Türkiye üzerindeki emellerini anlattı.
18 Kasım 2013 tarihinde İstanbul’da vefat eden Altındal, Üsküdar Şakirin Camisi’nde kılınan cenaze namazının ardından Karacaahmet Mezarlığı’nda defnedildi. Ani ve şüpheli ölümündeki sır hâlâ aralanmadı.



Cenaze törenine katılan Abdurrahman Dilipak da, Altındal’ı 3-4 gün önce gördüğünü belirterek şunları söyledi: “Kendisi bana ‘vasiyetimi hatırlıyorsun değil mi?’ diye sordu. Ben ‘evet’ deyince ‘Onu tekrarlıyorum. Müslüman kimliğimle, inanan insan olarak hatırlanmak istiyorum. Laiklik, seküler bir inanca sahip değilim. İnsanlar beni Müslüman olarak hatırlasın.’”