Bodrum kazasında Saravolos nahiyesinin Sandîme (Sayzima) köyünde doğdu. Bodrumlu Hacı Ömer Efendi’nin torunu, Hacı Mehmed Efendi’nin oğludur. İlk tahsilini memleketinde yaptı. Ardından İstanbul’a giderek Akşehirli Ömer Efendi’nin derslerine devam etti ve ondan icâzet aldı. 1850’de imtihana girerek ibtidâ-i hâric derecesiyle Fâtih Medresesi’nde müderrisliğe başladı. Müderrisliği süresince aralarında Arapkirli Hüseyin Avni’nin de bulunduğu çok sayıda talebeye icâzet verdi. Sultan Abdülaziz’in cülûsundan sonra onun büyük oğlu veliaht şehzade Yûsuf İzzeddin Efendi’nin hocalığını yaptı.


Üsküdar Küçük Çamlıca'da Bodrumi Ömer Lütfi Efendi Cami

1865’te Tophane müftülüğüne tayin edildi. Ertesi yıl bilâd-ı hamse mevleviyetine ulaştı. 1867’de memuriyeti Tophane âzalığına nakledildi. Bir yıl sonra Dâr-ı Şûrâ-yı Askerî müftülüğüne getirildi ve kendisine Meclis-i İntihâb-ı Hükkâmü’ş-şer’ âzalığı da verildi. Bu sırada Haremeyn pâyesini aldı. 1869’da İstanbul pâyesini elde etti ve Meclis-i İmtihân-ı Kur’a âzalığına getirildi. Ertesi yıl bütün memuriyetlerini bırakarak Meclis-i Tedkīkāt-ı Şer’iyye âzası oldu.

1873’te Üsküdar Bidâyet Mahkemesi başkanlığına tayin edildi. Eserlerindeki ifadelerden 1874’te Temyîz-i Hukūk Dairesi’nde reis olduğu anlaşılmaktadır. 1875’te İstanbul kadılığına getirildi. Bu sırada Anadolu kazaskerliği pâyesini aldı ve kısa bir süre sonra fiilen Anadolu kazaskeri oldu. Ardından hacca gitti.


                                         Ömer Lütfi Efendi türbesi

Rumeli kazaskerliği pâyesini almadan 18 Ocak 1889’da Uryânîzâde Esad Efendi’nin yerine şeyhülislâmlığa getirildi. İki yılı aşkın bir süre görev yaptıktan sonra Sadrazam Kıbrıslı Kâmil Paşa hükümetiyle birlikte 4 Eylül 1891’de şeyhülislâmlıktan azledildi.

Ömer Lutfi Efendi 1851’den itibaren huzur derslerine muhatap olarak katılmış, 1866’da mukarrirliğe yükselmiştir. Mezar taşındaki bilgilere göre 18 Zilkade 1314’te (20 Nisan 1897) vefat etmiş ve Küçük Çamlıca’da yaptırdığı Bodrumî Camii’nin hazîresine defnedilmiştir. Oğlu Mekke pâyeli Fâik Ahmed Efendi’nin kendisinden önce vefat ettiği, bir kızı ile torunlarının kaldığı belirtilir.