Çağatay Han, Moğol imparatoru Cengiz Han'ın eşi Börte Uçin’den olma ikinci oğludur. Babasıyla birlikte birçok sefere katılmıştır. Ayrıca Harezmşah devletinin yıkılmasında da büyük rol oynadı. Cengiz Yasası konusundaki uzmanlığı dolayısıyla devlet yönetiminde büyük saygınlık kazandı. Cengiz Han'ın 1227 yılında ölmesiyle yerine kardeşi Ögedey hükümdar oldu. Bundan sonra Çağatay savaşlara katılmayarak Semerkant, Buhara gibi bölgelerde yöneticilik yaptı. İslamiyete ve müslümanlara karşı büyük bir nefret besliyordu.

Bu yüzden İslami usulde hayvan kesmeyi ve gusl abdesti almayı yasakladı. Daha sonra kardeşi Ögedey’in ölümünden sonra hastalandı. Sağlığına çare bulunamayınca Moğol geleneklerine göre 1241 yılında idam edildi. Ölümünün ardından Kaşgar ve Maveraünnehir bölgesinde kurulan devlete Çağatay Hanlığı adı verildi. Bu devlet 1370 yılına dek varlığını sürdürdü.