Ekrem Pamukçu 21 Nisan 1947 tarihinde Irak'ın Kerkük şehrinde doğdu. İlk, orta ve lise öğrenimini Kerkük’te tamamladı. Daha sonra 1970 yılında Türkiye'ye geldi. 1970-1975 yılları arasında Ankara Üniversitesi Hukuk Fakültesi’nde, 1979-1984 yılları arasında ise aynı üniversitenin İlâhîyat Fakültesi Felsefe Bölümü’nde eğitim gördü. Aynı üniversitede Dil Tarih ve Coğrafya Fakültesi Tarih Bölümü’nde doktora yaptı. 1991'de Gazi Üniversitesi Fen Edebiyat Fakültesi Tarih Bölümü’nde doçent olarak çalıştı. 

1999 yılında Gazi Üniversitesi Atatürk Araştırma ve Uygulama Merkezi Müdürlüğü ile Atatürk İlkeleri ve İnkılap Tarihi Bölüm Başkanlığı’na atandı. 2004 yılında profesör oldu. Yaşamı boyunca Türkmenler'in haklarını savundu. Bu süreçte Irak Türkleri Kültür ve Yardımlaşma Derneği'nin başkanı olarak görev yaptı. Ayrıca Kerkük dergisinin genel koordinatörü ve yazı işleri müdürü olarak çalıştı.İngiltere, Almanya, Azerbaycan, Makedonya, Irak, Türkiye gibi katıldığı pek çok ülkede konferanslar düzenledi. Ekrem Pamukçu, geçirdiği rahatsızlık sonucu 27 Ocak 2005 günü yaşamını yitirdi.