6 Şubat 1748 tarihinde Almanya'nın Bavyera Eyaleti Ingolstadt şehrinde doğdu. Beş yaşında babasını kaybetti. Babasının vasiyeti üzerine vaftiz babasının yanında kaldı. Vaftiz babası Johann Adam von Ickstatt, Ingolstadt Üniversitesi'nde hukuk profesörüydü. Hristiyanlığın yayılmasını amaçlıyordu.

Weishaupt yedi yaşında eğitimine başladı. Cizvitlerle eğitim görmeye başladı. Ingolstadt Üniversitesi'ne kaydoldu.

Yirmi yaşında mezun oldu. 4 yıl sonra hukuk doktorasını yaptı. Hukuk profesörü oldu. Afra Sausenhofer ile evlendi. Göttingen Üniversitesi'nde felsefe profesörü olan Johann Georg Heinrich Feder ile tanıştı. 

1 Mayıs 1776 tarihinde İlluminati Cemiyeti'ni kurdu. 1784 yılında yönetim tarafından etkinlikleri yasaklandı.

Bavyera eyaletinden kovuldu. İllimunati Cemiyeti, tüm monarşik yönetimler ve dinin ortadan kaldırılmasını amaçlıyordu. 18 Kasım 1830 tarihinde Thüringen Eyaleti'nin Gotha şehrinde öldü.