Genelde Süper Lig maçlarında forma şansı bulan Gökhan Gönül, siyah-beyazlı formayla ilk kez Şampiyonlar Ligi mücadelesine çıktı.

Benfica ile yapılan ilk maçta yedek soyunan ve oyuna dahil olamayan tecrübeli futbolcu, sakatlığı nedeniyle Dinamo Kiev mücadelesinin kadrosunda yer almamıştı.

Siyah-beyazlı takımın Napoli ile yaptığı iki maçta da yedekler arasında bulunan Gökhan, yine oynama şansı yakalayamamıştı.

Gökhan Gönül ayrıca 10 Aralık 2008'deki Dinoma Kiev-Fenerbahçe maçından sonra ilk kez bir Şampiyonlar Ligi maçında da forma giymiş oldu.