Dışişleri bakanlığı zamanında pek çok yasadışı iş yaptığı ortaya çıkan Hillary Clinton, Honduras darbesiyle de ilişkiliymiş. Clinton'ın Honduras'da 2009'da gerçekleşen darbenin sorumlusu olan oligarşi ile ilişkide olduğuna ve darbenin durdurulmaması için çalıştığı ifade edildi.

28 Haziran 2009'da iki yüz silahlı kişinin dönemin Honduras Devlet Başkanı Manuel Zelaya'nın odasını bastığı darbeyle, Zelaya ABD tarafından kullanılan bir askeri üsse götürülmüş ve ülkenin dışına çıkartılmıştı. Birleşmiş Milletler ve Avrupa Birliği olayı darbe olarak tanıyıp harekete geçmişti. Ancak ABD, darbeye karşı sesini çıkartmamıştı.