Avrupa İnsan Hakları Mahkemesi (AİHM) Cuma dergisinin 29 Ağustos 2003 tarihli nüshasında “Disiplinsiz Paşalar” konusunun işlendiği kapak sayfalarında Abdurrahman Dilipak'ın yazısı sebebi ile hakkında açılan askeri soruşturmayı, ifade özgürlüğüne aykırı buldu. Dilipak'ın bir yazısı sebebi ile yıllarca askeri mahkemelerde yargılanmasının AİHS'e aykırı olduğu belirtilen kararda,   yargı sürecinin “uzun” olduğu belirtildi ve Avrupa İnsan Hakları Sözleşmesi’nin adil yargılanmayla ilgili 6’ıncı maddesine aykırılık bulunduğuna hükmetti. 

Cuma dergisinin sözkonusu kapağında, iskambil kağıtları üzerinde, Org. Çetin Doğan, Org. Tuncer Kılınç ve Org. Hurşit Tolon’un üniformalı fotoğraflarına yer verilerek, 1. Ordu ve Ege ordu komutanları ile Milli Güvenlik Kurulu Genel sekreteri olan paşaların, yaptıkları açıklamalarla "disiplinsiz" davrandıkları belirtilmişti. Derginin kapagında paşaların resimleri, iskambil kağıtları içine yerleştirilmişti.

Askeri savcılık, yayın sonrası Abdurrahman Dilipak, Mustafa Karahasanoğlu, Mustafa Hacımustafaoğulları, Yalçın Turgut hakkında “komutanları aşağılayıcı, pis, değersiz çağrışımlar yaratıcı, hedef gösterici bir imaj yaratarak tahkir ve teyzif ettikleri” iddiasıyla iddianame hazırlamıştı.

3. Kolordu Askeri Mahkemesi, “eylemin askeri suç kapsamında olmadığı ve yargılamanın sivil mahkemede yapılması gerektiği” yönünde karar verdikten sonra, suçun mağduru olduğunu iddia eden Hurşit Tolon'un emri ile askeri savcı kararı temyiz etmiş, Askeri Yargıtay usuli gerekçelerle kararı bozmuştu. Daha sonraki yargılama sürecinde, kanun değişikliği sebebi ile, dava sivil mahkemeye taşınmıştı. 

Askeri mahkemede, bir sivil olarak yargılanmasının hukuka aykırı olduğunu belirten Abdurrahman Dilipak,  2005 yılında AİHM’e başvurmuş, AİHM'deki dava 10 yıldır bir türlü karara bağlanmamıştı. 

Askeri yargılamanın 7 yıl sürmesini uzun bulan AİHM ise, kendisi tam 10 yılda kararını verebildi.

Basının demokratik toplumdaki öneminin büyük olduğu belirtilen AİHM kararında, "Generaller ve subaylar genel siyasetle ilgili konularda kamusal beyanda bulunuyorlarsa, bu tartışmalara katılan tüm siyasiler ve her birey gibi eleştiri, görüş ve ters düşünceye hazır olmalıdırlar. Demokratik bir toplumda üst rütbeli askerler, bu alanda, olası eleştirilere karşı dokunulmazlık talebinde bulunamazlar” gerekçesi ile, Dilipak'ın ifade hürriyetinin kısıtlandığı tespiti yapıldı. AİHM ayrıca, askeri yargılama sürecinin, bir gazeteci olan Dilipak’ın görüş açıklamasını engelleyici nitelik taşıdığına karar verdi.