1511 yılında 2. Beyazıd tarafından camiye çevrilen yapı 1945 yılında müzeye dönüştürülmüştü. Üç bölümden oluşan Kariye Camisi’nde de Ayasofya’dakine benzer hazırlıklar yapıldı. Naos olarak adlandırılan ibadet bölümündeki mozaiklerin üzerine açılır kapanır perde sistemi kuruldu. Hz. İsa ve Hz. Meryem’in ölümünü anlatan mozaikler, namaz sırasında kapatılacak. Işıklandırma direklerine eklenen demir çıkmalar ile kurulan perde mekanizması otomatik olarak çalışacak. Özel yaptırılan ve koyu renge boyanan minber de 10 metreye 15 metre boyutlarındaki alanın girişe göre sağ tarafına yerleştirildi.

İç narteks olarak adlandırılan ortadaki bölümdeyse çalışmalar sürüyor. Uzmanlar ölçüler alarak, kubbe ve duvarlarda yer alan büyük boyuttaki mozaikleri kapatmak için planlama yapıyor.