Beşiktaşlı Şeyh Yahya Efendi namıyla tanınan Yahya Efendi 1495 yılında Trabzon’da doğmuştur. Babası Şamlı Ömer -Ömer Arabî, bazı kaynaklarda Amasyalı Ömer Efendi-olup Trabzon kadısı idi. Bu tarihte Yavuz Sultan Selim de Trabzon’da vali olarak bulunmaktaydı.

Oğlu şehzade Süleyman (Kanûnî) h.900/ 1495 yılında Yahya Efendi’nin doğduğu hafta Trabzon’da dünyaya gelmiştir. Şehzade Süleyman’ın annesi Hafsa Sultan’ın sütü az olduğundan, Kadı Ömer Efendi’nin refikaları ve Yahya Efendi’nin validesi olan Trabzonlu Afife Hatun küçük şehzade Süleyman’a süt vermiş ve onun “süt annesi” olmuştur.

                                                Beşiktaş Şeyh Yahya Efendi Külliyesi

Böylece Yahya Efendi de Kanuni Sultan Süleyman’ın “süt kardeşi” olmuştur. Yahya Efendi, ilk derslerini babası Ömer Efendi’den aldıktan sonra Trabzon’da bulunan meşhur âlimlerden ve zamanın velilerinden kabul edilen Müfti Ali Çelebi’nin rahle-i tedrisinde bulunarak maddi ve manevi sahada bir hayli mesafe kat ederek mülâzemet payesini almıştır.

Trabzon’da riyazet ve mücahedat ile zahir ve bâtın ilimlerini tahsil eyledikten sonra artık Trabzon’da öğrenebileceği bir şey kalmadığını gören Yahya Efendi ilmini ikmal etmek için İstanbul’a gelmiştir İstanbul’da ilk önce, Anadolukavağı’nda “Haydarpaşa Çiftliği” denilen mevkide bir çilehane yaptırmış ve orada çilesini ikmal etmiştir. Yoros’ta mescid, medrese ve hamam inşa ettirmiştir.

Yahya Efendi’nin İstanbul’a 30 yaşında geldiği tahmin edilmektedir. İstanbul’da ilmini çoğaltmak için zamanın müderrislerinin derslerine devam etmiş ve nihayet meşhur âlim olan Şeyhülislam Zenbilli Ali Efendi’ye intisap etmiştir. Bu sohbetler Yahya Efendi’nin her bakımdan olgunlaşıp yüksek mertebelere ulaşmasını sağlamıştır. Yahya Efendi ömrünün sonuna kadar mücahede ve ibadetle vakit geçirmiş, 978/1571 senesi Zilhiccesi’nde Kurban Bayramı gecesinde Beşiktaş’taki dergâhında vefat etmiştir.



Yahya Efendi’nin vefatına “İrtihâl eyledi kutbu’l-ulemâ” terkibiyle tarih düşürülmüştür. Cenaze namazını, Bayram namazını müteakip Süleymaniye Camii’nde devrin Şeyhülislâmı olan Ebussuûd Efendi kıldırmış, cenazeye vezirler, âlimler, devlet ricâli ile halktan pek çok kimse katılmıştır