7 Aralık 1905’te İstanbul Üsküdar’da doğdu. Babası Bahriye Kolağası Şükrü Efendi, annesi Makbule Hanım’dır. Üsküdar İmrahor’daki Vakıf Rüstem Paşa Mektebi’nde başladığı ilk tahsiline Selîm-i Sâlis Numûne Mektebi’nde devam etti. Daha sonra kaydolduğu Üsküdar Sultânîsi’nin sekizinci sınıfında iken Dârülfünun imtihanlarını kazanarak 1923’te Eczacı Mektebi’ne girdi. 25 Temmuz 1925’te mezuniyetinden bir yıl sonra yedek subay olarak askere alındı ve tezkere bırakarak askerlik mesleğine intisap etti.

1927-1948 yılları arasında Adana, Maraş, Bitlis, Van, Elazığ, Ankara, İstanbul gibi şehirlerdeki askerî hastahanelerde başeczacılık yaptı. 28 Ekim 1948 tarihinde yarbay iken askerlik görevinden istifa etti. Ankara ve İstanbul’da çeşitli vazifelerde bulunan Halil Can, 1961’de emekliye ayrıldıktan sonra da eczacılık mesleğine devam etti. 1953-1971 yıllarında İstanbul Belediye Konservatuvarı Eserleri Tasnif ve Tesbit Heyeti üyeliğinde, 1960-1971 yılları arasında da İstanbul Yüksek İslâm Enstitüsü dinî mûsiki dersi hocalığında bulundu.



1954’ten beri Konya’da yapılagelen semâ ve Mevlânâ’yı anma törenlerinin kurucusu olup 1972 yılına kadar bu törenlerde neyzenbaşılık yapan Halil Can, kuvvetli hâfızası sayesinde ender rastlanan zenginlikte bir repertuvara sahipti. Kendi ifadesine göre 1500 ilâhi, elli beş âyîn-i şerif, 400 civarında nefes, altmışa yakın na’t ve durak ile geri kalanı din dışı formlarda saz ve sözlü eserlerden oluşan 5-6000’in üzerinde eserin yer aldığı bir nota koleksiyonu vardı.

Bu koleksiyonun vefatından sonra talebelerinden Sakıp Arıkan’ın eline geçtiği söylenmektedir. Eser kayıt ve tetkiklerindeki hassasiyeti onun en önemli özelliklerindendi. Devlet radyoları arşivlerindeki Hamparsum nota koleksiyonlarının Batı notasına çevrilme çalışmalarında da büyük emeği geçmiştir. Halil Can’ın dinî mûsiki sahasında son devrin en önemli birkaç simasından biri olduğu muhakkaktır.