1872 yılında Bağdat’ta doğan Babanzâde Ahmed Nâim’in babası, Osmanlı Devleti’nin sun dönemlerinde Irak, Yemen, Antalya ve Bolu’da valilik yapmış olan ve 1929 yılında vefat eden Babanzâde Mustafa Zihni Paşa’dır.
Babanzâde Ahmed Nâim, babasının memuriyeti dolayısıyla öğrenimini ilk Bağdat Rüştiye’sinde görmüştür. İlk tahsilini Bağdat’ta ikmâl ettikten sonra İstanbul’a gelir. 1891’de Galatasaray Lisesi’ni, 1894 yılında Mülkiye Mektebi’ni bitirir. Medresede öğrenim görmemiş olmasına rağmen, döneminde Medresede okunmakta olan İslâmî ilimler ile Arapçayı kendi gayretleriyle öğrenir.



Memuriyet hayatına 1894’de Hâriciye Nezâreti Tercüme Kaleminde Arapça mütercimi olarak başlayan Babanzâde Ahmed Naîm, Nisan 1895’de ek görev olarak Galatasaray Lisesi’nde Arapça hocalığına başlar. Bu görevlerinde yaklaşık on seneden fazla bir süre çalışır. 1908’de 2. Meşrutiyetin ilânından sonra tamamen “Maarif Nezâreti”ne geçer. Ekim 1915’de Dârülfünûn Edebiyat ve İlahiyât şubesi müderrisliği (öğretim üyeliği)ne atanır. Ekim 1918 -Ekim 1919 tarihleri arasında kısa bir süre Dârülfünûn’un umum müdürlüğü (bugünkü rektörlük)nde bulunur. 1919 yılında A‘yân Meclisi’ne üye olur. Meclis üyeliği 4 Kasım 1922’de İstanbul Hükümeti’nin tasfiyesi ile son bulur.



Maarif Nezâreti Tercüme Dairesi üyesi olduğu yıllarda Istilahât-ı İlmiye Encümeni’nin çalışmalarına katılır. Bu Encümen’in hazırladığı “Felsefe Istilahları” ve “Sanat Istilahları” isimli eserlerin hazırlanmasında önemli katkıları olur.

Babanzâde Ahmed Naîm’in gerek telif gerekse tercüme olmak üzere birçok kitap ve makalesi bulunmaktadır. Kitaplarının çoğunu Dârülfünûn’a müderris olarak atandıktan sonra yazarken, makalelerini ise daha çok Sırât-ı Müstakîm ve Sebîlürreşâd mecmualarında yayınlamıştır. Ayrıca, Servet-i Fünûn Mecmuası, Tanîn Gazetesi, İttifak Gazetesi, Kelime-i Tayyibe ve Mahfil gibi mecmualarda da yazıları yayınlanmıştır.



Halvetî tarikatına mensup olan Babanzâde Ahmed Naîm’in aynı zamanda tasavvufî bir yönü de vardır. Fâtih türbedârı Amiş Efendi, onun hem kayınpederi hem de şeyhidir. İslâmi fikir akımının temsilcilerinden olmasına rağmen ilk dönemlerinde, Abdülhamid Han’ın aleyhindedir. Fakat bu karşıtlığı çok kısa sürer. Meşrutiyet’in ilânından bir sene bile geçmeden bu konudaki hatasını anlar ve fikrini değiştirir.

Mayıs 1933’deki Üniversite reformuyla emekliye sevkedilen Babanzâde Ahmed Naîm; 13 Ağustos 1934 günü secdede iken vefat eder. Ertesi günü Edirnekapı mezarlığına defnedilir. Kabri Edirnekapı mezarlığında Mehmet Akif Ersoy ve Muallim Cevdet’in yanındadır.